Descartes hatte in der Widmung an die Sorbonne angekündigt, daß er auch in der Metaphysik eine gewisse Methode zur Lösung jeder beliebigen Schwierigkeit in der Wissenschaft' anzuwenden gedenke (Methodum ad quaslibet difficultates in scientiis resolvendas AT VII 3,23-4). Diese Methode führt er nun mit den Worten ein, es gelte, ein Festes und Bleibendes in den Wissenschaften auszumachen (firmum et mansurum in scientiis stabilire AT 17,7). Im wesentlichen besteht diese Methode in der vorgängigen Konzentration auf die Tätigkeit des Denkens. Alles, was dem Denken selbst äußerlich sein könnte, wird dadurch zurückgesetzt, daß die Wahrheit von allem angezweifelt wird, was wahr oder falsch sein kann. Dies erreicht Descartes, indem er die Erkenntnisquellen, denen Wahres und Falsches zu entspringen scheint, konsequent in Frage stellt. Dieser Zweifel

... is not, as sometimes supposed, the invalid argument that if some perceptions are actually false, all might possibly be false, but the altogether more defensible claim that a criterion of truth which plays you false is no criterion at all (like an algorithm which sometimes gives the wrong solution) (Burnyeat p. 45)

Er weist damit jede Erkenntnis (und nur solche) zurück, an der das Denken nicht voll und ganz selbst beteiligt ist.

The beauty of the procedure is that it is a truth he has reached without applying a criterion (Burnyeat p. 49).

Sobald eine zweite Instanz zur Erkenntnis erforderlich scheint, wie etwa die äußerlichen Sinne, der Gemeinsinn oder oder die Technik der Deduktion, ist das Denken nicht bloß auf sich gestellt. Descartes spricht davon, daß uns die Sinne Erkenntnisse zu vermitteln scheinen (per sensus accepi AT VII 18,16). (AT III 268,1: qui est que i'ay receu des sens, ou par les sens, tout ce que i'ay crû iusques ici estre le plus vray; siehe auch AT V 146). In Zweifel steht, ob diese Vermittlung zuverlässig sei.

Amy M. Schmitter bringt dies auf den Begriff, indem sie von Erklärungen spricht:

The rethinking of just these causal considerations starts in the opening moves of the Meditations, where several different senses of causation come under attack (p. 370).

(Dazu ist zu denken, daß für Descartes eine Ursache in einer legitimen Erklärung besteht; seine Zurückweisung verschiedener Ursachen gleicht also der Kritik der Vermittlung von Erkenntnis durch verschiedene Erklärungsverfahren.)

Diejenigen Empfindungsquellen, die uns nicht eine Erkenntnis über die Welt zu vermitteln scheinen, werden als nächstes zurückgewiesen. Durch das Argument, niemand könne sicher wissen, ob er gerade träume, werden auch elementare Überzeugungen fraglich, wie diejenige, daß ich gerade einen Arm hebe, daß ich überhaupt einen Arm habe etc. (AT VII 19,24). Es ist aber bereits abzusehen, welche Dinge nicht fraglich werden. Empfindungen, insofern sie mir nicht eine Erkenntnis über etwas Gegenständliches vermitteln wollen, fallen als solche nicht in den Bereich des zu Bezweifelnden. Dazu gehören Empfindungen wie Schmerz, unbestimmte Angst oder Schwindel. Die Angst, die wir im Traum empfinden können, ist zwar vielleicht eine unbegründete Angst, nicht aber eine bloß scheinbare. Scheinbar ist lediglich das Objekt, vor dem wir uns zu ängstigen meinen. Das Traumargument ist nicht dazu geeignet, Empfindungen für unzuverlässig zu erklären, die keinen Gegenstand haben. Daß Descartes aber derartige Empfindungen nicht zu dem zweifelhaften rechnet, wird im weiteren Verlauf klar. Descartes schreibt, er habe eingesehen, daß an allem, was er bisher für wahr gehalten habe, zu zweifeln möglich sei (iis quae olim vera putabam AT VII 21,28). Was allerdings überhaupt für wahr gehalten werden kann, ist nicht besonders viel (Burnyeat, McDowell).

Das, was ohne einen bösen Geist nicht zweifelhaft werden könnte, sind ziemlich genau die aristotelischen Kategorien (abzügl. Substanz). Er setzt sie damit an die Stelle von Bedingungen des Vorstellens. Daß die Arithmetik nicht von Wirklichkeiten handle (AT VII 20,20-7), bedeutet: Kategorien sind nicht Prinzipien des Wirklichen, sondern des Möglichen.
Die Intuition zu bezweifeln, benötigt ein gottartiges Wesen: das deutet an, daß Gott die Intuition bedingt.

Die Stufe der Radikalisierung, die an das Traumargument anschließt, setzt sich denn auch wieder mit dem Sachgehalt von Empfindungen auseinander. Das Wissen auch von den allereinfachsten und allgemeinsten Gegenständen soll in Frage gestellt werden (quae nonnisi de simplicissimus et maxime generalibus rebus tractant AT VII 20,25). Was ist damit bezweifelt? Die deduktiven Wissenschaften, wie die Geometrie, hinsichtlich der in ihnen abgeleiteten Sätze. Was unangezweifelt bleibt, ist die intuitive Erkenntnis, die Erkenntnis, die sich in Form einer aktual empfundenen Notwendigkeit, so und nicht anders zu denken, einstellt. Sobald aber diese Erkenntnis nicht dirket zu Bewußtsein kommt, wie etwa ein Schmerz, sondern in Vermittlungszusammenhängen auftritt, kann sie bezweifelt werden.